前期選抜は2月上旬に実施され、募集定員は、全募集定員の5～50％の範囲で、各高校が学科別に定めます。中学校長の推薦は不要で、希望すればすべての受検生が出願できます。
各高校の特色をいかした「A特色選抜」と、文化・スポーツで優れた実績または資質や能力を有し、活動を継続する人が対象の「B文化・スポーツ特別選抜」の2つの志願区分があります。
選抜は、調査書(内申書)と志願理由書(文化・スポーツ特別選抜のみ)、その他必要な書類のほか、県教育委員会の作成した全校共通の基礎学力検査(国語・数学・英語を合わせて60分)、面接、プレゼンテーション(特色選抜のみ)、実技、作文・小論文、総合問題の中から、各高校が実施する検査を選択します。調査書(内申書)や各検査の比重は高校ごとに定めます。前期選抜で合格とならなかった場合は、後期選抜に志願できます。
なお、長崎県では2025年度(令和７年度)から公立高校の入試制度が変わり、中学校内外で主体的に取り組んだ活動で培った自らの強みが生かせる「特別選抜」、中学校までに取り組んできた学びの内容に加えて、日常生活、社会問題などと関連した探究的な学びを検査問題に取り入れる「一般選抜」、主に離島、半島部の少人数教育実施校でそれぞれの夢や目標の実現に向けて学ぶ「チャレンジ選抜」の３種類の選抜が行われる予定です。

後期選抜は3月上旬、全日制のすべての高校・学科で実施され、募集定員は、全募集定員から前期選抜の合格者を差し引いた人数です。出願後の「志願先変更」はできません。5教科の学力検査(国語・社会・数学・理科・英語(聞き取りテストを含む)各50分、各100点満点)と面接を実施します。調査書(内申書)、学力検査の成績、面接の結果、その他必要な書類などから総合的に判定します。その際、各高校がそれぞれ選抜資料の比重を決めて選抜を行います。学力検査で傾斜配点を実施する場合もあります。

離島留学特別選抜は、自然に恵まれた環境の中で、特色あるコースで学習に取り組み、充実した高校生活を送ってもらうことを目的とした制度で、長崎県内全域だけではなく、県外からも受検可能。実施は下記の5学科(コース)のみで、入試は前期選抜と同じ日程で行います。
・対馬高校/国際文化交流科
・壱岐高校/普通科東アジア歴史・中国語コース
・五島高校/普通科スポーツコース
・五島南高校/普通科夢トライコース
・奈留高校/普通科(E-アイランド・スクール)

前期選抜の「A特色選抜」と後期選抜では、普通科の通学区域は7学区に分かれています。中学校長が認めた場合は、学区外の普通科も受検できますが、入学できるのは募集定員の7％以内です。また、調整区域として、他の学区にある一部の高校にも志願できます。普通科以外の学科および前期選抜の「B文化・スポーツ特別選抜」は県内全域の高校に志願できます。