従来の「前期選抜」、「後期選抜」から、「特別選抜」、「一般選抜」、「チャレンジ選抜」の3つに変更になります。「特別選抜」の出願方法は、 「自己推薦①」と「自己推薦②」の2つがあり、それぞれどういう人が出願できるか決まっています。(詳細は「2025年度長崎県公立高校入試 特色選抜の内容」を参照)「自己推薦①」と「自己推薦②」の選抜は、調査書、自己推薦書、個人面接またはプレゼンテーションで行われます。

選抜は、学力検査(5教科500点満点)、調査書、面接(対面または紙上による回答)で行われます。学力検査では、一部の内容(別表参照)が除かれます。また、数学及び英語においては、県教育委員会が作成した難易度の異なる選択問題の中から高等学校長が指定した問題を解答する必要があります。

チャレンジ選抜は、主に離島・半島地域の少人数教育実施校で実施されます。なお、一般選抜の結果、定員が充足している場合には、チャレンジ選抜は実施されません。また、志願資格は公立高校の合格者となっていない者で、一般選抜で受検した高校には志願できません。

一般選抜と特別選抜の自己推薦②では、一部のコースを除く普通科の通学区域は7学区に分かれています。調整区域では他の学区で出願できる高校もあります。