前期選抜はすべての高校・学科で実施します。募集割合は定員に対して、普通科は20～30%、普通科単位制は30～50%、普通科総合選択制は70%、普通科スポーツ総合専攻および美術・工芸専攻は100％、専門学科は70～100％、総合学科は70％などさまざまです。
選考は、学力検査、報告書(内申書)、面接、作文(小論文)、活動実績報告書、実技検査の検査項目を組み合わせたA・B・Cの選抜方式の中から、各高校の定めた選抜方式・検査項目により行われます。検査項目の配点比率は高校・学科などによって異なります。前期選抜では、一部の高校・学科が難度の高い学校独自問題による検査を行います。

中期選抜は、前期選抜で募集定員の100％を募集する学科などを除くすべての高校・学科で実施します。第2志望まで志願でき、第1志望第1順位、第1志望第2順位、第2志望と、最大3つまで志願することができます。
選考は、報告書(内申書)の9教科全学年の評定(内申点)(195点満点)と5教科の学力検査の成績(200点満点)、報告書の評定以外の記載内容を総合的に判断して、合格者を決定します。報告書の9教科全学年の評定(内申点)と学力検査点の比率はおおむね１：１です。

普通科は5つの通学圏があり、住んでいる地域によって志願できる高校が限られています。ただし、口丹、中丹、丹後の通学圏では、普通科の前期選抜に限り、口丹、中丹、丹後のどの通学圏からも志願できます。スポーツ総合専攻、美術・工芸専攻の普通科は通学圏以外にも調整区域があり、いずれの通学圏からも志願できます。総合学科の南丹高校、地域創生科の大江高校は府内全域から志願可能。専門学科も原則として府内全域から志願可能です。ただし、市立紫野高校アカデミア科は制限があるので注意が必要です。