前期(特色)選抜は、普通科のコース、専門学科、総合学科、スーパーグローカルハイスクール指定校のうち、高校が希望する学科・コースで実施します。募集人員は、募集定員の70%以内(熊本市内の高校は50％以内)の範囲で高校ごとに定めます。高校・学科・コースごとに定める「重視する観点」を理解して志願することが条件となります。学力検査は行わず、学校独自検査を実施します。なお、募集人員が募集定員の50%を超える高校ではA群(面接・実技検査など)とB群(小論文・実験・自己表現など)から各高校がそれぞれ1つ以上の検査を実施します。この学校独自検査と、調査書(内申書)により合格者を決めます。前期(特色)選抜で合格とならなかった場合、あらためて後期(一般)選抜に出願できます。

後期(一般)選抜は、全学科・コースで実施します。募集人員は、募集定員から前期(特色)選抜などの合格者数をのぞいた人数です。全員が5教科の学力検査を受けますが、数学と英語(リスニングテスト含む)については、選択問題A(標準的な問題)と選択問題B(発展的な問題)の2種類の学校選択問題から、各高校が指定します。A・Bどちらの問題を出題したかは、後期(一般)選抜終了後の例年3月頃に熊本県教育委員会から発表があります。令和5年度(2023年度)は2月22日に発表されました。一部の学科・コースでは傾斜配点を行います。
選考はおもに学力検査の得点と調査書の評定(内申点)で決まります。まず、学力検査点(5教科250点満点)と調査書の評定(内申点)の合計点(県独自の方法で補正)の順位が、ともに募集人員以内にある人を対象に、第1選考として、その中から合格者を決定します。第1選考での合格者数が募集人員に満たない場合は、各高校が選抜基準を定め、第1選考の合格者以外の人の中から残りの合格者を決定します。

コースを除く普通科は、県央・県北・県南の3つの通学区域(学区)に分かれ、住んでいる地域により受検できる高校が決められています。大津高校理数科と上天草高校普通科グローカル文理コースにも通学区域があります。普通科のコース、専門学科、総合学科、湧心館高校の普通科には学区がなく、県内全域から受検できます。コースを除く普通科、大津高校理数科、上天草高校普通科グローカル文理コースにおける通学区域外(学区外)の枠は募集人員の13％以内です。熊本市立高校(千原台、必由館)の学区は熊本市全域です。詳しくは各高校の募集要項でご確認ください。