推薦入学は、専門教育を主とする学科、総合学科並びに普通科の一部に設置されているコース及び単位制による課程で行います。募集人員は募集定員の50％以内あるいは100％。出願には中学校長の推薦が必要で、学力検査は行いません。選考は、推薦書、調査書(内申書)、面接(全員)と、高校・学科・コースによっては小論文(作文)・適性検査・実技検査の結果などから総合的に判定します。
普通科コースでは、英語、数学、理科の中から2教科以内のペーパーテスト形式の適性検査や実技検査、小論文(作文)を実施する場合もあります。

特色選抜は、推薦入学と同じ日に、普通科の「特色ある類型」で実施します。各高校の募集定員の20％以内(最大は40人)を募集しますが、家島高校、村岡高校、生野高校では募集定員の50％以内を募集します。中学校長の推薦は不要で、各高校の求める要件を満たす場合に出願できます。選考は、調査書(内申書)、面接(全員)と、高校によっては実技検査・小論文(作文)などの結果を総合して行います。

一般選抜では、5教科の学力検査を実施します。学力検査の得点を0.5倍したもの(250点満点)と、調査書(内申書)の中三の評定を換算したもの(250点満点)を同等に扱います。調査書(内申書)の中三の評定以外の諸記録や、高校によっては面接・実技検査なども実施して総合的に合否を判定します。
全日制の普通科(単位制を含む)と総合学科では、複数志願選抜が行われ、1校または2校を志願することができます。選考の際、第1志望者には、調査書点(内申点)と学力検査点を合わせた総合得点(素点)に「第1志望加算点」を加え、第2志望者は素点のままとします。「第1志望加算点」は学区により点数が異なります。すべての受検者を上位から順に並べ、得点が各高校の募集定員以内であれば、総合判定を経て合格となります。
複数志願選抜実施校間の志願変更は、第2志望のみ変更可能。ただし、単独選抜実施学科から複数志願選抜実施学科へ志願変更する場合は、同一校内の学科のみ可能で、第2志望は認められません。専門学科は単独選抜のため、志願できるのは1校のみです。

公立高校の普通科(単位制を含む)および総合学科の通学区域は5学区に分かれていて、特色選抜・一般選抜では、原則として自分の居住する通学区域の高校に出願することになります。隣接区域の高校に出願可能な地域もあります。専門学科は県下全域のどの高校にも出願できます。