推薦入学者選抜には、推薦入試Aと推薦入試Bの2つの方式があります。
推薦入試Aは、別府翔青高校・グローバルコミュニケーション科、大分舞鶴高校・理数科、芸術緑丘高校・音楽科と美術科のみで実施。募集枠は入学定員の30～100%の範囲で、高校ごとに定めます。出願は1校・1学科に限ります。中学校長の推薦が必要で、選考は、推薦書、調査書(内申書)、適性検査、面接、小論文の結果から判定します。
推薦入試Bは、推薦入試A実施学科をのぞくすべての高校・学科で実施します。中学校長の推薦が必要で、スポーツ活動、文化活動などで成果をおさめた者など、高校ごとに推薦要件を定めます。募集枠は、普通科・専門学科は入学定員の20％以内(一部除く)、総合学科は入学定員の30％以内で、高校・学科ごとに異なります。出願は1校・1学科に限ります。選考は、推薦書、調査書(内申書)、面接と、高校によって小論文も行い、それらの結果をもとに合否を判定します。

第一次入学者選抜は、すべての学科・コースで実施し、募集人員は推薦入学者選抜の合格内定者数をのぞいた人数です。全員が5教科の学力検査を受け、選考は、調査書の合計点(内申点)、学力検査(300点満点)、面接・適性検査(実施校のみ)の結果をもとに総合的に判定します。調査書の合計点(内申点)と学力検査点の比率は3：7、4：6、5：5のうちのいずれかで、ほとんどの高校が学力検査の比率を高くしています。学力検査の翌日に面接等を実施する高校もあります。