推薦入学者選抜には、推薦入試Aと推薦入試Bの2つの方式があり、2026年度入試より、どちらの方式でも、募集にあたっての調査書点に係る基準・評価の観点・比重(割合)が高校ごとに公表されます。
推薦入試Aは、別府翔青高校・グローバルコミュニケーション科、大分舞鶴高校・理数科、芸術緑丘高校・音楽科と美術科のみで実施。募集枠は入学定員の30～100%の範囲で、高校ごとに定めます。出願は1校・1学科に限ります。中学校長の推薦が必要で、選考は、推薦書、調査書(内申書)、適性検査、面接、小論文の結果から判定します。
推薦入試Bは、推薦入試A実施学科をのぞくすべての高校・学科で実施します。中学校長の推薦が必要で、スポーツ活動、文化活動などで成果をおさめた者など、高校ごとに推薦要件を定めます。推薦要件は、「対象とする活動」を明記する【活動指定あり】、【活動指定なし】、【志望学科】の区分があり、募集枠は、普通科・専門学科は入学定員の25％以内(一部除く)、総合学科は入学定員の30％以内で、高校・学科ごとに異なります。出願は1校・1学科に限ります。選考は、推薦書、調査書(内申書)、面接と、高校によって小論文も行い、それらの結果をもとに合否を判定します。

第一次入学者選抜は、すべての学科・コースで実施し、募集人員は推薦入学者選抜の合格内定者数をのぞいた人数です。全員が5教科の学力検査を受け、選考は、調査書の合計点(内申点)、学力検査(300点満点)、面接・適性検査(実施校のみ)の結果をもとに総合的に判定します。調査書の合計点と学力検査点の比率は3：7、4：6、5：5のうちのいずれかで、ほとんどの高校が学力検査の比率を高くしています。学力検査の翌日に面接等を実施する高校もあります。
2026年度入試から、これまでの第二次入学者選抜が廃止され、第一次入学者選抜での第一志願校の合格発表後、欠員の高校や学科があった場合、第二志願の募集が実施されます。第二志願では、出願は1校・1学科に限るものとし、第一次入学者選抜の学力検査点や調査書、面接(実施する高校のみ)の結果で選抜されます。普通科を選択する場合は、受験生の出身中学校のある所在地によって出願可能な高校が指定されます。

2027年度(令和9年度)入試からの推薦入学者選抜では、自己推薦が導入され、「指定活動推薦入学者選抜」と「自己推薦入学者選抜」の2つの方式で実施されます。
「指定活動推薦入学者選抜」では、中学校長からの推薦が必要で、高校ごとに実施の有無を判断し、スポーツ活動や文化活動で成果をおさめた者など高校ごとに推薦要件を定めます。
「自己推薦入学者選抜」では、中学校長からの推薦は必要とはせず、全ての高校及び学科にて実施し、高校ごとに定めた出願要件を満たす者が対象になります。