推薦入学者選抜は普通科(入学定員40名の高校を除く)、探究科以外の学科で実施します。募集人員は理数科、総合学科、職業に関する学科、普通科(入学定員40名の高校)では入学定員の30％以内(県外志願者の受け入れを実施する場合は50％以内)、音楽科では入学定員の60％程度、体育科では入学定員の80％程度です。中学校長の推薦は不要ですが、各高校が定める出願要件を満たすことが条件となります。選考は、調査書と面接(全員)などがおもな資料となり、そのほか適性検査(体育科・音楽科)、作文・実技検査・基礎学力検査(実施校のみ)を行い、それらの結果を総合して合格者を選抜します。

一般入学者選抜は全員に5教科の学力検査を実施します。配点は各教科100点満点、合計500点満点ですが、特定教科の配点を高くする傾斜配点を実施する高校・学科もあります。体育科と音楽科は適性検査を行い、面接を実施する高校もあります。選考は、調査書の評定の合計と学力検査の成績の比率に応じて算出した合計得点などで決まります。調査書の評定以外の記載事項なども選抜資料になります。例年、多くの高校・学科で学力検査点の比率を高くする選抜が行われ、2024年度(令和6年度)は調査書点と学力検査点の比率を3:7、4:6、5:5、6:4、7:3の中から各高校・学科が定めて実施します。

普通科、理数科、探究科は通学区域が決められ、東学区・北学区、南学区、西学区の3つに分かれています。職業に関する学科、体育科、音楽科、総合学科、東桜学館高校(併設型中高一貫校)、山形市立商業高校は通学区域の制限がなく山形県内どこからでも出願できます。