推薦入学者選抜は、すべての高校・学科で実施します。募集人員は、普通科、理数科、国際文理科及び普通科とのくくり募集をする学科は募集定員の5～15％程度、総合学科、専門学科は募集定員の20～30％程度です。中学校長の推薦が必要で、学力検査は行いません。選考は、自己アピール書、推薦書、調査書(内申書)と、作文または小論文、面接または集団討論、実技テスト(工業に関するデザイン科の場合)の結果をもとに総合的に評価して行います。

一般入学者選抜は、すべての高校・学科で実施し、全員が5教科の学力検査と面接を受けます。学力検査の成績は、各教科50点満点で合計250点満点ですが、理数科と総合学科では、傾斜配点を実施する場合があります。
合否判定は2段階で行われ、第1選抜では、調査書点(内申点)の高い順から募集人員の90％程度以内の者を選び、その中から調査書(内申書)の記録や面接、実技テストの結果が良好な者を対象に、学力検査点の上位順に募集人員の70％程度を合格とします。第2選抜では、第1選抜で合格とならなかった者を対象に、「A：学力検査の成績」「B：調査書点(内申点)」「C：調査書(内申書)の各教科の学習の記録以外の記録、面接等の評価」に基づく得点(A+B+C=500点満点)を、比率(A：B：Cの比率は高校・学科ごとに異なる)を用いて、募集人員の30％を選抜し合格とします。

普通科の通学区域(学区)は、東予地区、中予地区、南予地区の3つに分かれています。
普通科以外の学科は、県内のどの高校でも受検することができます。ただし、宇和島東高校理数科は、普通科とくくり募集を行うので、南予地区になります。募集定員の5％以内は通学区域の例外適用となり、学区外からでも出願できます。