従来の推薦入学者選抜に代わって、2025年度入試から特色入学者選抜が実施されます。特色入学者選抜では、中学校長の推薦は必要なく、すべての高校・学科で実施されます。志願する高校・学科の出願資格を満たした人が出願でき、出願資格の詳細は各高校の校長が、教育目標、学科の特色、地域性等を十分考慮して定め、志願者に対して、作文、小論文、面接、集団討論、実技テストおよびプレゼンテーションから、各高校が選択した検査項目で実施されます。また、特色入学者選抜の募集人員内で「文化・スポーツ活動の取組・成果等を重視した選抜」を行うことがあります。

一般入学者選抜は、すべての高校・学科で実施し、全員が5教科の学力検査と面接を受けます。学力検査の成績は、各教科50点満点で合計250点満点ですが、理数科と総合学科では、傾斜配点を実施する場合があります。
合否判定は2段階で行われ、第1選抜では募集人員の70％を、第2選抜で募集人員の30％を選抜し合格とします。(詳細は「2025年度愛媛県公立高校入試 一般入学者選抜 選抜方法」参照。)

全国募集の高校・学科を除いて、普通科の通学区域(学区)は、東予地区、中予地区、南予地区の3つに分かれています。宇和島東高校理数科は、普通科とくくり募集を行うので、南予地区になります。募集定員の5％以内は通学区域の例外適用となり、学区外からでも出願できます。