2025年度入試から、従来の中学校長推薦が必要な推薦選抜に代わって、中学校校長の推薦が不要な自己推薦型の特色選抜がすべての高校・学科で実施されます。また、沖縄県の公立高校入試は1回のみの実施となり、自己推薦型の特色選抜と、学力重視型の一般選抜の2つの選抜方法で選抜されます。特色選抜と一般選抜で、最大2校に出願できますが、特色選抜のみの出願はできません。すべての高校で、特色選抜、一般選抜の順に合否が決定されます。特色選抜で不合格の場合は、一般選抜の受検者とあわせて、合否判定が行われます。

特色選抜は、中学校校長の推薦が不要な自己推薦型の選抜です。出願要件は各高校が定めます。学校・学科によっては、調査書の評定が出願要件として設定される場合もあります。選抜では、志願者全員に学力検査が課されるほか、学校・学科によっては面接、学校独自検査、実技検査等も行われます。従来の推薦選抜と異なり、学力検査が実施されるため、学習面の対策が必要となります。

一般選抜は、すべての高校・学科で実施し、全員が5教科の学力検査と面接を受けます。調査書と学力検査等の成績の比重は、原則として5：5に扱いますが、一部の高校では調査書：学力検査等の成績の比重を4：6または4.5：5.5として扱います。また、実技検査や、傾斜配点を実施する場合もあります。

普通科は7つの通学区域があり、原則として住んでいる区域から高校を選んで受検します。一部の地域では、普通科でも県全域の高校を受検できます。また、定員の10％以内の範囲で、通学区域以外の高校に入学することができます。専門学科・総合学科は、県内のどこからでも受検できます。